《秦时明月之君临天下》是国产大型3D动画《秦时明月》的第五部， 蒙恬出击匈奴，秦皇东巡、焚书坑儒、蜃楼东渡 、修筑长城、建兵马俑。。時は明治十一年。急速な欧米化に伴い、政府に不満を持つ人々が増え、監獄は囚人で埋まり、脱獄も後を絶たなかった。そこで政府は、滋賀県琵琶湖に重犯罪者専用の檻、日本最大・脱出不可能な湖の監獄、獄門処を設ける。その監獄への橋渡し人を請け負う曇家の三兄弟が織り成す大冒険活劇の幕が上がる……！。